Tek fëmijët e vegjël, në rast të një anomalie hormonale, trajtimi mund të përbëhet nga injeksione të Testosterone, dozimin dhe rregullsinë e të cilave e cakton mjeku endokrinolog. Ky trajtim i ndjekur mirë rrit madhësinë e penisit. Kur mikropenisi shkaktohet nga indet e penisit që janë të pandjeshme ndaj testosteronit, ky trajtim hormonal nuk ka asnjë efekt.

Sa më herët të zbulohet mikropenisi, sa më shpejt të vendoset trajtimi, aq më efektiv do të jetë ai. Trajtimi mund të jetë gjithashtu i nevojshëm rreth pubertetit. Pas pubertetit, trajtimi hormonal nuk është më efektiv sepse indet nuk reagojnë më në të njëjtën mënyrë.

Trajtimi kirurgjikal i mikropenisit     

Në moshën madhore, kur mikropenisi nuk është trajtuar ose kur trajtimi nuk ka qenë mjaftueshëm efektiv, kirurgji eshte e mundur. Megjithatë, jo gjithmonë paraqet rezultate bindëse.

Seksioni i ligamentit pezullues i penisit, i cili shkon nga penisi në pubis, mund të ofrohet. Nuk e modifikon penisin në asnjë mënyrë, por e shkëput pjesërisht nga pubisi, duke e bërë atë të duket më i gjatë. Fitimi i vërejtur është 1 deri në 2 cm në gjendje të dobët dhe 1,7 cm në ereksion. Kjo zgjatje arrihet me koston e një penisi të paqëndrueshëm në ereksion, pasi është më pak i lidhur me pubis, gjë që mund ta bëjë penetrimin më pak të lehtë.

Ainjeksion autolog i yndyrës përfshin injektimin e dhjamit të subjektit nën lëkurën e penisit të tij. Kjo nuk e zgjat penisin në asnjë mënyrë, por vizualisht e bën atë më të trashë. Vetëm një pjesë e yndyrës së vendosur nuk përthithet nga trupi me kalimin e kohës (10 deri në 50% në varësi të subjektit). Resorbimi mund të jetë i pabarabartë dhe të çojë në një pamje "rruzare" të penisit.

Mikropenisi mund të ketë pasoja të rëndësishme psikologjike, sidomos në adoleshencë, është e rëndësishme që personi të ndihmohet dhe të merren parasysh dyshimet e tij.