La alergjitë ndaj çokollatës janë të mundshme edhe nëse janë i rrallë. Fenomeni alergjik në këtë rast vjen nga proteinat e kakaos. Personi alergjik që e konsumon më pas përjeton vështirësi në frymëmarrje, ka dhimbje koke, skuqje, takikardi, kruajtje dhe djegie në stomak.

Këto simptoma mund të vërehen edhe te njerëzit që janë alergjikë ndaj elementëve që përbëjnë çokollatën (arrat, proteinat e qumështit etj..), edhe pse për këtë arsye ata nuk janë vërtet alergjikë ndaj kakaos në vetvete.