Un ekzaminimi ose analiza bakteriologjike ju lejon të gjeni dhe identifikoni bakteret përfshirë në një infeksion.

Në varësi të vendit të infeksionit, disa analiza janë të mundshme:

• ekzaminimi bakteriologjik i urinë ose ECBU
• ekzaminimi bakteriologjik i stools (shiko kulturën e kërcellit)
• ekzaminimi bakteriologjik i sekrecionet cerviko-vaginale në gratë
• ekzaminimi bakteriologjik i spermë te njerëzit
• ekzaminimi bakteriologjik i sekrecionet bronkiale ose pështymë
• ekzaminimi bakteriologjik i shtupat e fytit
• ekzaminimi bakteriologjik i plagë të lëkurës
• ekzaminimi bakteriologjik i lëngu cerebrospinal (shiko shpimin e mesit)
• ekzaminimi bakteriologjik i gjak (shiko kulturën e gjakut)

Ky lloj ekzaminimi nuk përshkruhet në mënyrë sistematike në rast infeksioni. Më shpesh, përballë një infeksioni me origjinë bakteriale, mjeku përshkruan antibiotikë në mënyrë empirike, domethënë "rastësisht", e cila është e mjaftueshme në shumicën e rasteve.

Sidoqoftë, disa situata mund të kërkojnë marrjen e një mostre dhe analizë të saktë bakteriologjike:

• infeksion në një person me imunitet të dëmtuar
• infeksion që nuk shërohet me antibiotikë (dhe për këtë arsye ndoshta rezistent ndaj antibiotikëve të parë të dhënë)
• infeksion spitalor (ndodh në spital)
• infeksion potencialisht serioz
• helmimi kolektiv nga ushqimi
• dyshim për natyrën virale ose bakteriale të infeksionit (për shembull në rast të anginës ose faringjitit)
• diagnoza e infeksioneve të caktuara siç është tuberkulozi
• etj.