Infeksionet kërpudhore shpesh lindin nga një çekuilibër i thjeshtë i mikroorganizmave të pranishëm natyrshëm në trup.

Inshtë në fakt i kolonizuar nga një mori kërpudhash dhe bakteresh të ndryshme, shumicën e kohës të padëmshme dhe madje thelbësore për funksionimin e duhur të trupit.

Sidoqoftë, mund të ndodhë që disa nga këto kërpudha të shumohen dhe bëhen patogjene, ose që një kërpudhë "e jashtme", e transmetuar për shembull nga një kafshë, të shkaktojë një infeksion. Gjithsej 200-400 lloje të kërpudhave mund të shkaktojnë sëmundje tek njerëzit⁵.

Sidoqoftë, kërpudhat e pranishme në mjedis gjithashtu mund të infektojnë njerëzit, për shembull:

• nga vaksinimi, gjatë një dëmtimi për shembull (që çon në sporotrikozë ose kromomikozë, etj.);
• me thithjen e mykut (histoplazmoza, apergilloza, etj.);
• nga kontakti me një person të infektuar (kandidiazë, krimba, etj.);
• përmes kontaktit me një kafshë të infektuar.